呼吸道感染(Respiratory tract infection，RTI)是常见的疾病之一，相关研究结果显示，青少年和成人每年大约被感染2-4次，儿童每年大约被感染6-8次。上呼吸道感染是一种常见的急性呼吸道疾病，通常伴有鼻腔、咽或喉部的急性炎症，除少数细菌感染外，大部分是病毒感染。下呼吸道感染是最常见的感染性疾患，治疗时必须明确引起感染的病原体以选择有效的抗生素。
国家卫生健康委发布的《2022年国家医疗质量安全改进目标》中提到，感染性疾病专业“提高呼吸道病原核酸检测率”，“提高住院患者抗菌药物应用前的病原学送检率”。
在《新性冠状病毒肺炎诊疗方案》（第九版）建议新型冠状病毒肺炎主要与流感病毒、腺病毒、呼吸道合胞病毒等其他已知病毒性肺炎及肺炎支原体感染鉴别，尤其是疑似病例要尽可能采取快速抗原检测、多重PCR核酸检测等方法，对常见呼吸道病原体进行检测，特别提到核酸检测适用于早期鉴别诊断，抗体检测则不适用于早期鉴别诊断。
在《全国流行性感冒防控工作方案（2020版）中建议严格预检分诊，推进呼吸道传染病多病原联合检测，充分发挥发热门诊“哨点”作用，强化呼吸、儿科诊疗能力，支持同时开展新冠病毒、流感病毒等多种病原的检测，做好鉴别诊断，确保及时采取针对性防控措施。
呼吸道六项病原体核酸检测（上呼吸道）包括人鼻病毒、呼吸道合胞病毒、肺炎支原体、腺病毒、甲型流感病毒、乙型流感病毒共六项病原体；呼吸道六项病原菌核酸检测（下呼吸道）包括肺炎链球菌、肺炎克雷伯菌、金黄色葡萄球菌、流感嗜血杆菌、铜绿假单胞菌、嗜肺军团菌共六项病原菌。这二者主要用于上、下呼吸道感染疾病的诊断，尤其在感染极早期即可检出，可为临床提供分子诊断依据。
呼吸道病原体（菌）六项核酸检测是基于实时荧光PCR技术的原理，方法简便快速、窗口期短，在感染早期即可检测出，核酸检测的灵敏度高，特异性好，结果准确可靠，只要病原体在体内出现，即使微量，核酸检测方法也能够检测到。并且采样方便，一次鼻咽拭子的采样即可完成六种病原体的检测。
流感病毒是流行性感冒的病原体，主要分为甲型、乙型和丙型，临床上又以甲型和乙型较为常见。临床上以急起高热、乏力、全身酸痛和轻度呼吸道症状为特征，严重者可致肺炎、心肌炎、心力衰竭甚至死亡，严重威胁人类的健康。
呼吸道合胞病毒主要引起6个月以下婴儿患细支气管炎和肺炎等下呼吸道感染，以及较大儿童和成人的鼻炎、感冒等上呼吸道感染。
腺病毒对呼吸道、胃肠道、尿道和膀胱、眼、肝脏等均可感染，呼吸道感染的典型症状是咳嗽、鼻塞和咽炎，同时伴有发热、寒战、头痛和肌肉痛等。
人鼻病毒通常寄居于上呼吸道，是人类普通感冒的主要致病病原体，还可以引起老年人的支气管炎急性发作、儿童的上呼吸道感染、支气管炎等疾病，儿童的感染率高于成人。
肺炎支原体是介于细菌和病毒之间的一种病原体微生物，主要引起呼吸系统疾病，临床表现为顽固性剧烈咳嗽的肺部炎症。肺炎支原体是儿童时期肺炎和其他呼吸道感染的重要病原之一。肺炎支原体可引起扁桃体炎、鼻炎、中耳炎、气管炎、毛细支气管炎、肺炎；幼儿多患上呼吸道感染；学龄儿多患肺炎。
肺炎链球菌 全球范围内每年约有1400万人感染肺炎链球菌，约100万人死于肺炎链球菌感染，其中儿童所占比例较高。肺炎链球菌肺炎还可继发脑膜炎、菌血症、中耳炎等其他疾病，对人类健康构成较大威胁。
肺炎克雷伯菌 易使免疫力低的人群院感，是糖尿病病人和慢性阻塞性肺病患者并发肺部感染的潜在危险因素。
金黄色葡萄球菌 可引起局部化脓感染，也可引起败血症、脓毒症等全身感染，幼儿和体质虚弱的老年人易感金黄色葡萄球菌肺炎，死亡率高达30%-40%。
流感嗜血杆菌 是细菌性肺炎及儿童急性呼吸道感染的常见病因，仅次于肺炎链球菌。b型最容易引起严重疾病，包括脑膜炎、菌血症性肺炎等，免疫力抑制或降低的患者容易感染且引发重症。
铜绿假单胞菌 是医院内感染的主要病原菌之一，ICU第二位常见病原菌。患代谢性疾病、血液病和恶性肿瘤、HIV患者，以及术后或某些治疗后的患者易感染本菌，可引发菌血症和败血症。
嗜肺军团菌 可引发散在的或流行性非典型肺炎，引起成人重症的发生率高达10.5%，死亡率高达15%-20%。
使用科室及人群
1、急诊科/发热门诊：怀疑感染或不明原因发热患者的鉴别诊断。
2、重症监护室(ICU)：脓毒血症的诊断、治疗效果监测等。
3、儿科/新生儿科：不明原因发热的患儿、疑似感染的鉴别诊断。
4、呼吸科：呼吸系统感染的鉴别诊断、治疗监测、抗生素使用。
检测须知
样本采集要求：
六项呼吸道病原体核酸检测（上呼吸道）：鼻咽拭子，采集方法同新冠核酸（建议鼻拭子、咽拭子同时采集）。使用专用病毒采样管。采集后立即送检。
六项呼吸道病原菌核酸检测（下呼吸道）：肺泡灌洗液、痰液。采集后立即送检。
标本检测时间：
周一至周天每天上午11:30检测，下午3:00出结果。