《财政部、国家税务总局关于房产税城镇土地使用税有关问题的通知》（财税〔2008〕152号）规定：“对依照房产原值计税的房产，不论是否记载在会计账簿固定资产科目中，均应按照房屋原价计算缴纳房产税。房屋原价应根据国家有关会计制度规定进行核算。对纳税人未按国家会计制度规定核算并记载的，应按规定予以调整或重新评估。” 也就是说，从价计税的房产，房产税的计税原价是以企业根据会计制度确认的房产原值为依据。
但我国是多种会计制度并存，在土地价值是否计入房屋原值，因适用的会计制度不同而不同：《企业会计制度》第四十七条规定，企业购入或以支付土地出让金方式取得的土地使用权，在尚未开发或建造自用项目前，作为无形资产核算，并按本制度规定的期限分期摊销。企业利用土地建造自用某项目时，将土地使用权的账面价值全部转入在建工程成本。《企业会计准则—无形资产》指南规定，企业取得的土地使用权通常应确认为无形资产，自行开发建造厂房等建筑物，相关的土地使用权与建筑物应当分别进行处理。外购土地及建筑物支付的价款应当在建筑物与土地使用权之间进行分配；难以合理分配的，应当全部作为固定资产。
由此可见，《企业会计制度》与《企业会计准则—无形资产》对土地使用权的处理还是存在较大差异的，企业利用土地搞开发时《企业会计制度》要求计入在建工程成本，而《企业会计准则—无形资产》则要求在无形资产中核算。如果房产税计税原值完全遵从会计制度，必然造成税负的不公，尤其土地实行市场经济后，土地价值成为房屋价值的重要组成部分。
为公平税负，《财政部、国家税务总局关于安置残疾人就业单位城镇土地使用税等政策的通知》（财税〔2010〕121号）第三条规定，对按照房产原值计税的房产，无论会计上如何核算，房产原值均应包含地价，包括为取得土地使用权支付的价款、开发土地发生的成本费用等。同时规定：宗地容积率低于0.5的，按房产建筑面积的2倍计算土地面积并据此确定计入房产原值的地价。对宗地容积率大于0.5的，按宗地内的所有土地价值计入房产原值计征房产税。地价计入房产原值计征房产税应注意以下八点：
一、出租和自用房产地价的确认。房产税是以房屋为征税对象，按房屋的计税余值或租金收入为计税依据，向产权所有人征收的一种财产税。从征计征房产税，相应房产原值部分不再从价计征房产税。纳税人房产有部分出租、部分自用的，应划分出租与自用房屋建筑面积，在按上述原则确定宗地容积率后，根据出租和自用房屋建筑面积占总建筑面积的比例分别确定地价计入房产原值，再按从租和从价两种计征方式征收房产税。
二、在建和使用房产地价的确认。如果一宗土地上既有已经建成投入使用的房产，又有在建或规划建设的房产，因在建房产和待建房产尚未建成使用，按照现行房产税有关规定不属于应税房产，不应当缴纳房产税，其占用土地的价值也不应该作为房产税的计税依据缴税。据此，该宗土地的地价，应按照建成和在建（包括待建）房产的建筑面积比例进行分摊。其中：建成房产所分摊的土地价值应计入房产原值征收房产税；在建和待建房产分摊的土地价值，待房产建成后再计入房产原值征收房产税。
三、非应税建筑物所占土地价值扣除的确认。容积率又称建筑面积毛密度，指房地产项目用地范围内地上总建筑面积与项目总用地面积的比值。宗地容积率=项目地上总建筑面积÷宗地面积。应税房产配建了一些非应税建筑物，如游泳池、烟囱、水塔等。按照现行房产税有关政策，独立于房屋之外的建筑物，如游泳池、烟囱、水塔等，不属于房产，不是房产税的征税对象，其所占用土地的价值也不应该计入应税房产的原值征收房产税。因此，在计算应计入房产原值的地价时，可将非房产税征税对象的建筑物所占的土地价值进行扣除。
四、容积率是动态的数据，没有对其进行动态管理。取得一宗土地后，有的企业对地上房屋一次建成，有的分期建设，跨年或跨越多年建成。如果首次建成时容积率超过0.5，在以后新增房屋时对计征房产税时影响不大，只对新增房产价值计税即可。如果首次建成时容积率低于0.5，企业再有新建房产时，应及时对容积率进行重新计算，确定计征房产税的土地价值，避免出现纳税风险。
五、取得土地时缴纳的契税、耕地占用税没有计入土地使用权价值。地价包括取得土地使用权支付的价款、开发土地发生的成本费用等。包括：支付的土地出让金或者土地转让价款、土地契税、耕地占用税、拆迁补偿费、规划设计、勘探费、“七通一平”费用等。因此，土地使用权价值除包括土地出让金外，还包括缴纳的契税；如果取得的土地是耕地，土地使用权价值中还应该包括向税务机关缴纳的耕地占用税。取得土地缴纳的契税、耕地占用税都应该并入“无形资产-土地使用权”科目，资本化处理。这样才能避免减少税基，少纳税款的风险。（《企业会计准则第6号-无形资产》第十二条 “无形资产应当按照成本进行初始计量。外购的无形资产的成本，包括购买价值、相关税费以及直接归属于该项资产达到预定用途所发生的其他支出。”所以，土地的成本包括:支付的土地出让金或者土地转让价款、土地契税、耕地占用税、拆迁补偿费、规划设计、勘探费、“七通一平”费用等。）
六、取得土地出让金返还账务处理不正确。近十几年来，各地政府为发展经济，大搞招商引资，大规模建设工业园区。为吸引企业、个人投资，搞以地招商，零地价出让土地。这种情况下房产税应如何计算？
在具体实务中，有的是对返还的土地出让金直接冲减土地成本，造成土地零地价。对企业已支付的土地出让金全额返还给企业，属于政府补助。现行会计准则对与资产相关的政府补助通过“递延收益”核算。“递延收益”科目专为核算不能一次而应分期计入当期损益的政府补助而设置的，与资产相关或与以后期间收益相关的，先计入“递延收益”科目，然后分期计入“营业外收入”科目或“其他收益”科目。“其他收益”科目专门用于核算与企业日常活动相关、但不宜确认收入或冲减成本费用的政府补助，而与企业日常活动无关的政府补助，则计入营业外收入。与资产相关的政府补助有两种具体核算方法：总额法、净额法。
总额法是在确认政府补助时，将其全额确认为收益，而不是作为相关资产账面余额或者费用的扣减。
净额法是将政府补助确认为对相关资产账面余额或者所补偿费用的扣减。
但现行会计准则要求总额法处理，以便更真实、完整地反应政府补助的相关信息。因此，企业收取的土地出让金返还不应当直接冲减土地成本。土地出让金应当计入房产税计税原值。
七、土地评估价值的确认。当前有部分企业（主要是老的国有企业）的土地仍是无偿划拨的，企业为取得土地使用权支付的价款为零。此外，近年来随着国有企业改制，部分划拨土地虽以国家授权经营、作价入股等方式对土地进行了价值评估，这种评估价值不属于取得土地使用权支付的价款，不需要计入房产原值。如企业补缴了土地出让金，则应并入房产原值。
另外，对“单独估价作为固定资产入账的土地”不计入房产税计税原值。这是为何？改革开放前，中国城镇国有土地实行的是单一行政划拨制度，国家将土地使用权无偿、无限期提供给用地者，并且土地使用权不能在土地使用者之间流转。
从80年代起，中国开始土地使用制度的改革，把土地的使用权和所有权分离，在使用权上，变过去无偿、无限期使用为有偿、有限期使用，使其真正按照其商品的属性进入。
从1994年起，我国对国有企业之前无偿划转使用的国有土地进行了全面的清查、估价，根据《财政部关于国有企业清产核资中土地估价有关财务处理问题的通知》（财工字〔1995〕108号）规定：“…二、对于企业过去已作为固定资产单独入帐的土地，估价后，应按确认、批复的价值调整帐面价值，并按调整后的帐面价值单独入帐，不计提折旧。调整后的土地帐面价值高于原帐面价值部分，经清产核资机构会同同级财政部门批准后，作为国家投资，在资本公积金中单独反映。三、对于通过行政划拨方式依法无偿取得的土地，企业应按确认、批复后的价值，经清产核资机构会同同级财政部门批准后，作增加固定资产处理，同时增加国家资本公积金。企业占用的行政划拨土地在估价入帐后，应在固定资产中单独反映，不计提折旧。”由此可见，土地评估增值部分单独计入固定资产是基于特定历史时期的特殊规定，并且在当时评估增值的土地是计入国家资本金，也就是说，当时的国有企业取得的土地并未付出代价。土地计入房产税计税原值是针对“取得土地使用权支付的价款、开发土地发生的成本费用等”，所以，单独估价作为固定资产入账的土地不计入房产税计税原值。
八、没有以宗地为单位分别计算容积率。宗地是土地权属界址线围成的地块，是土地登记和地籍调查的基本单位，一般情况下，一宗土地为一个权属单位。一个企业如果存在多宗土地，在计算土地价款并入房产原值征收房产税时，应以每一宗土地为单位分别计算容积率，不能将该单位所有房产面积和所有土地面积求和，统一计算出一个容积率，进而计算需要并入房产价值的土地价款金额。
举例：某企业有两宗土地，甲宗地土地面积10000平方米，取得土地时支付土地出让金1000万元（已含相关税费、下同）。地上房屋建筑面积合计6000平方米，房屋价值1200万元；乙宗地土地面积10000平方米，取得土地时支付土地出让金1000万元。地上房屋建筑面积合计3000平方米，房屋价值600万元。对甲、乙两宗地分别计税容积率，并确定房产税计税值：甲宗地容积率6000/10000=0.6，容积率超过0.5，将该宗土地价值全额并入房产价值征收房产税。甲宗地房产税计税值1000+1200=2200万元，甲宗地年应纳房产税2200*（1-30%）*1.2%=18.48万元；乙宗地容积率3000/10000=0.3，容积率低于0.5，将该宗土地价值按2倍建筑面积并入房产价值征收房产税。乙宗土地房产税计税值1000*3000/10000*2+600=1200万元，乙宗地年应纳房产税1200*（1-30%）*1.2%=10.08万元。该企业年应纳房产税合计18.48+10.08=28.56万元。