据最新的研究表明，现今对于儿童耐药性艰难梭菌感染有效治疗的最大希望可能来自于肠道本身。这就是约翰霍普金斯儿童医学中心的儿科胃肠病学家开展粪菌移植治疗项目的原因，该项目主要针对由一种病原体导致的反复发作性腹泻患者。该种病原体的耐药性越来越强，在儿童和成人中的致病率也正在快速升高。
在过去的20年中，美国抗生素相关性腹泻的病例数增加了一倍还多，每年新感染的病例有近300万，其中有高达1/4的患者对抗生素治疗无反应。其中大部分病例可能起源自艰难梭菌感染。
既往研究表明，通过粪菌移植的治疗方式，超过90%的成人患者得以治愈。因此，儿童患者中的治愈率数据也应与成人患者一样可观。
“对于抗生素治疗2个标准疗程后仍无反应的艰难梭菌感染患儿来说，应考虑采用粪菌移植治疗。” 约翰霍普金斯儿童医学中心儿童胃肠病科主任MariaOliva-Hemker博士表示。“抗生素是挽救生命的药物，但临床用以清除病原体时，它们也会带来伴随的损害效应，即随着有害细菌被清除的同时也消灭了一些有益的微生物，这些微生物有助于我们肠道复杂的功能保持在一种完美的平衡状态上。”
难治性艰难梭菌感染发生率的不断上升可能与抗生素的使用率增高有关。上述有益细菌对于有害菌具有抑制约束作用，因而肠道内环境向任意一方迁移（例如由抗生素使用所导致的），都会导致不良后果。当有益细菌被抗生素杀灭后，有害菌就会繁殖，导致菌群失衡，或者称为“生态失调”。通常来说，由一种抗生素使用所导致的肠道感染，应使用另一种抗生素治疗以清除过度增殖的有害病原体，但药物治疗通常会失败，因为它只是针对疾病的一部分进行治疗的。
来自霍普金斯中心儿童胃肠病科、对粪菌移植有着特殊兴趣的Suchitra Hourigan博士表示：“当我们使用一种抗生素来治疗艰难梭菌感染时，我们杀灭了部分的有害细菌，但这并未涉及到疾病的另一面，即导致感染发生的有益细菌的丢失，因此抗生素治疗并未对肠道内的菌群平衡起到真正的恢复作用，因而患者通常在数周内可能有腹泻再次发作的情况出现。”
使用“粪便”治疗排便异常性疾病的概念并不新鲜。这种治疗方式起源自古代中国，当时的医者给予腹泻患者“黄汤”治疗，即粪便与水的混合物。数千年以后，上述治疗手段不断演进。在当代，粪菌移植通常在结肠镜检查过程中施行，而患者的病情改善通常可在治疗2周后出现，此时有益细菌已开始在患者肠道内定植。粪菌的供者通常是患者的父母或亲属，且需要像供血者那样仔细接受多种风险的筛查。供者通常需要进行感染性病原体检查，例如HIV或丙型肝炎病毒。患有自身免疫性疾病或其他慢性疾病的患者，例如糖尿病或肥胖，通常不适于作为粪菌供体。
Hourigan表示：“肠道微生物体系在机体免疫和整体健康方面起着重要的作用，对于粪菌移植是否能够将上述疾病的易感性也由供者传递至受者，现今我们并不十分清楚。”
新的儿童治疗策略使得约翰霍普金斯儿童医学中心成为了美国国内可以施行该项诊疗措施的医院之一，难治性腹泻可以导致患儿脱水、贫血以及疼痛，严重影响着儿童的生活质量。在更严重的疾病类型中，反复的腹泻还可能导致致命性的肠道炎症，据疾病控制与预防中心统计，其每年导致的死亡病例约有14000例。除了导致患者死亡之外，难治性腹泻每年还使医疗保险系统花费超过30亿美元的费用。
虽然该项治疗成效显著，但仍存在许多重要的问题有待解答：供者粪菌中的细菌是如何精确地改变受者肠道细菌环境的？何种细菌在粪菌移植中所起的作用最大？由于粪菌中包含数百种的菌种、数万亿的细菌总数，因而科学家尚未搞清哪些细菌是我们最好的朋友，哪些是最大的敌人，又有哪些仅是“旁观者”而已。Oliva-Hemker及Hourigan正在继续进行研究以试图解答上述问题。
随着我们对于肠道动力学认识的不断进展，将来应该会出现更好的治疗方式。
“在大约10年以后，科学家将能够在实验室中设计出完美的粪菌混合物，以替代直接粪菌移植。” Oliva-Hemker预测道。“不出10年，我们将能够在实验室中制造出我们所需要的粪菌制品，用于由有益/有害菌群失调所导致的多种疾病患者的治疗，以恢复其肠道内的菌群平衡。”