自主神经系统支配内脏器官（消化道、心血管、呼吸道及膀胱等）及内分泌腺、汗腺的活动和分泌，并参与调节葡萄糖、脂肪、水和电解质代谢，以及体温、睡眠和血压等。当交感神经功能降低或副交感神经功能亢进时，表现为瞳孔缩小、唾液分泌增加、心率减慢、血管扩张、血压降低、胃肠蠕动和消化腺分泌增加、肝糖原储存增加以增加吸收功能、膀胱与直肠收缩促进废物的排除。当副交感神经功能降低或交感神经功能亢进时，则表现为瞳孔扩大、眼裂增宽、眼球突出、心率增快、内脏和皮肤血管功能收缩、血压升高、呼吸加快、支气管扩张、胃肠道蠕动分泌功能受抑制、血糖升高及周围血容量增加等。
因此自主神经功能紊乱时，其临床表现可涉及全身多个系统，如心血管系统、呼吸系统、消化系统、内分泌系统、代谢系统、泌尿生殖系统等，患者自觉症状繁多。如出现胸闷、憋气、心慌、濒死感等心脏神经症；胃痛、胃胀、呕吐、腹泻等胃肠神经症；有的患者表现为头痛头晕、视物模糊、失眠、健忘、皮肤发麻、皮肤发痒，周身发紧僵硬不适，四肢麻木，手脚心发热，周身皮肤发热，但量体温正常，全身阵热阵汗，或全身有游走性疼痛，游走性异常感觉，女子月经不调、痛经，男子遗精、阳痿等。常伴随焦虑、紧张、抑郁等情绪变化，一般按冠心病、胃炎等器质性疾病治疗常无效。