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根据耐药的程度，可分为缓慢耐药、局部耐药、完全耐药三类。对于不同的耐药情况，处理方式也不同。
缓慢耐药：这类患者CT检查病灶没有增大，但是查肿瘤标志物在升高。在这种情况下，盲目换药肯定是不可取的。例如EGFR敏感突变的患者，如果使用靶向药吉非替尼治疗的过程中，CT病灶没有增大，但是肿瘤标志物CEA呈线性升高，就建议患者血液重新做基因检测，看有无耐药基因T790M突变。如果有突变，可以换成奥西替尼靶向治疗，如果没有突变可以继续吉非替尼口服靶向。直到出现新的病灶或者原病灶增大；这个时候就可以重新穿刺取得组织做病理及基因检测，决定如何更换治疗方案。
部分耐药：靶向药治疗后肺部病灶明显缩小，但复查CT却发现其他地方出现了新的病灶，比如出现脑转移、骨转移等。这种情况下建议继续口服靶向药，同时对于新出现的病灶，做穿刺取组织重新做病理及基因检测。如果肿瘤转移的部位不合适重新穿刺，则可以针对新出现的转移灶进行局部放疗，以达到控制目的。
全面耐药：患者的原发病灶及转移病灶都出现肿瘤增大，肿瘤标志物升高，患者的症状和以前比明显加重，同时出现新的转移灶。说明靶向药已经全面耐药了。需要重新穿刺取组织做病理及基因检测，明确耐药基因。如果患者拒绝穿刺或病人一般情况差，不能耐受穿刺，也可以抽取血液做基因检测。理论上讲，靶向药物没有固定的疗程，如果病灶一直稳定不变化就是有效，可以吃到病灶进展为止，这时候可以更换其他靶向药物或者治疗方法。