头痛做CT或做MR都可以，具体需要根据引起头痛的疾病类型做不同的检查。
如果头痛考虑脑出血导致，如蛛网膜下腔出血或脑出血，做CT相对来讲更敏感、更快速。
CT检查快捷，而且对于急性出血和急性外伤，显示较好，能明确诊断。所以在临床上，怀疑急性脑出血的患者或者外伤患者怀疑骨折，首选CT检查；
如果头痛考虑缺血性病变的话，如梗塞，MR看的更清楚。
虽然对于梗塞，CT也可以做到诊断，但是对早期或超早期的脑梗塞，CT有时往往不能显示。MR检查的优点是其软组织分辨率高，所以脑核MR检查主要适合于急性脑梗死，特别是超急性期，即在发病六小时以内的这种患者，首选MR检查，能及时发现梗死部位和梗死范围。
引起头痛的原因也非常多，具体选择哪一项检查不能由患者自己决定，需要临床医师根据你的具体临床表现，包括病史，还有一些定位体征，患者的适应症来进行选择。
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