按照表面分子标志的不同，淋巴细胞亚群可以分为T淋巴细胞亚群、B淋巴细胞亚群、NK细胞亚群和DC亚群等，例如T细胞主要测定细胞膜上的分化抗原群(CD)：CD3、CD4和CD8。
CD3为所有T细胞的特有标志，CD4是辅助性T细胞(Th)的标志，CD8是细胞毒性T细胞(Tc)或抑制性T细胞(Ts)的标志。
B细胞表面标志主要为膜免疫球蛋白或表面免疫球蛋白(mlg或slg)IgM和IgD以及CD抗原CD19、CD20、CD22等。
NK细胞是固有免疫系统中重要的细胞，其特异表面标志主要为CD56和CD16。
DC细胞按照其前体细胞的不同，可以分为髓系起源的髓样树突状细胞(mDCs)和淋巴系起源的浆细胞样树突状细胞(pDCs)，其表面标志为Lin-DR+CD11c+CD123low、Lin-DR+CD11c-CD123bri，其中Lin为单一荧光标记的LIN cocktail抗体，包含CD3(T细胞)，CD19和CD20(B细胞)，CD56(NK细胞)，CD14(单核细胞)等。
01 T细胞亚群检测
根据T细胞亚群的表面标志或者其他标志，用适当的荧光素标记特异性单克隆抗体与淋巴细胞反应，通过流式细胞仪测定，即可了解相应细胞的阳性百分比和荧光强度。一般CD3细胞主要分为两群细胞：CD3+CD4+细胞为Th细胞，CD3+CD8+为Tc/Ts 细胞。
CD4淋巴细胞减少：见于巨细胞病毒感染、慢性活动性肝炎、恶性肿瘤、遗传性免疫缺陷病、艾滋病、应用免疫抑制剂的患者。CD4绝对值的变化可用于艾滋病的免疫状态分析、疗效观察及预后判断。
CD8淋巴细胞增多：见于传染性单核细胞增多症急性期、自身免疫性疾病，如SLE、艾滋病初期、慢性活动性肝炎、肿瘤及病毒感染等。
CD4/CD8比值异常：比值降低见于SLE、肾病、传染性单核细胞增多症、急性巨细胞病毒感染、骨髓移植恢复期等。艾滋病患者比值显著降低，多在0.5以下。比值增高见于肺腺癌、扁平上皮癌、类风湿关节炎、1型糖尿病等。此外，还可用于监测器官移植的排斥反应，若移植后CD4/CD8较移植前明显增加，则可能发生排斥反应。
02 B细胞亚群检测
B细胞根据不同的发育阶段，可以分为初始B细胞、成熟B细胞、记忆性B细胞、浆细胞等，可以根据相应的分子指标来反映疾病的进展过程。对于B淋巴细胞，CD19为其共有的细胞表面标志。CD20在B淋巴细胞激活后逐渐失去，而CD22只存在于成熟的B细胞中，因此只能部分反映B细胞在体内的表达情况。
CD19阳性细胞增多，提示B细胞增殖增加，常见于B细胞恶性增殖性疾病和自身免疫性疾病中，如急性淋巴细胞白血病、慢性淋巴细胞白血病、多发性骨髓瘤及系统性红斑狼疮等。CD19阳性细胞降低主要见于体液免疫缺陷病，如严重联合免疫缺陷病、性联丙种球蛋白缺乏症等。
03 NK细胞检测
CD16(FcRⅢ)表达于大多数NK细胞上，但也表达于中性粒细胞。此抗原NK细胞的表达较弱，并在NK细胞活化时丢失。CD56表达于大多数NK细胞上，也表达于一些T淋巴细胞，与CD3联合使用可以区分CD3+CD56+ T淋巴细胞和CD3-CD56+ NK细胞。联合使用3种抗体可最完全地鉴定所有的NK细胞。NK细胞或表达CD16，或表达CD56，但它们不表达CD3。CD16和CD56联合使用，根据光强度可将NK细胞从双阴性细胞中区分出来。这样运用该试剂组合，NK细胞可形成独立的群体与其他细胞相区分。
NK细胞分子标志为CD3-CD16+CD56+。NK细胞活性可作为判断机体抗肿瘤和抗病毒感染的指标之一。NK细胞升高见于宿主抗移植物反应者；NK细胞降低见于血液系统肿瘤、实体瘤、免疫缺陷病、艾滋病和某些病毒感染患者中。
04 树突状细胞(DC)检测
不同发育阶段DC具有不同的功能，甚至产生完全相反的作用。未成熟DC可诱导免疫耐受，成熟DC可诱导免疫激活，因此对其功能的测定需要考虑到其发育是否处于不同的阶段，需要采用相应的分子标志。DC的功能受多种因素的影响，即使同一 DC在不同的微环境下，可能表现不同功能。
目前DC尚没有比较统一、特异的表面分子标志，而且由于细胞谱系来源不同，以及DC分化发育阶段不同，其分子标志也会发生变化，因此需要综合多种分子标志来进行检测。
DC可以维持调节机体的免疫耐受，如果DC数量减少、功能失衡，则可导致自身免疫性疾病的发生，如系统性红斑狼疮、自身免疫性糖尿病。另外，DC还介导机体的抗感染和抗肿瘤免疫过程，通过DC成熟、活化，分泌细胞因子、有效的抗原提呈等过程来发挥抗感染和抗肿瘤过程。
05 Th1/Th2细胞检测
Thl细胞和Th2细胞是Th细胞主要的两群细胞，均为Th0在一定的条件下极化发展而来，在机体受到异已抗原攻击时，会出现Thl/Th2漂移的现象，即Th1和Th2细胞中某一亚群功能升高，另一亚群功能降低。静息状态下，Th0分化为Th1和Th2的能力非常弱，能检测到的IFN-γ和IL-4也微乎其微。因此，我们检测的Th1和Th2实际上是检测Th细胞对刺激素刺激的反应能力，在进行Th1检测的同时，也进行Th2细胞的检测。
Th1细胞主要分泌IL-2、IFN-γ、IFN-α和TNF等，其中IFN-γ为Th1最为特异性的细胞因子，Th2细胞主要分泌IL-4、IL-5、IL-6、IL-9、IL-10和IL-13等，其中IL-4为Th2最特异性的细胞因子。对于Th1和Th2细胞的检测，主要是采用FCM。由于涉及胞内细胞因子的检测，需要将细胞表面进行穿破，然后将细胞因子抗体标记进行检测。
Th1/Th2亚群两者相互之间的平衡在免疫应答调节中起着关键作用，因此Th1/Th2平衡失调与多种疾病的发生、发展和预后有着密切关系。目前已发现许多感染性疾病、自身免疫病、过敏性疾病以及移植排斥反应等都有与Th1/Th2平衡有关。Th1细胞升高见于结核病、丙肝病毒感染、多发性硬化症、类风湿关节炎、接触性皮炎以及移植排斥反应等。Th1细胞降低见于艾滋病和过敏性哮喘等疾病。
06 Th17细胞检测
Th17细胞不同于Th1、Th2细胞的CD4+ T细胞亚群，其主要分泌IL-17(IL-17A)，还包括IL-17F以及IL-21、1L-22、IL-6、TNF-α等细胞因子，因此命名为Th17细胞。
Th17通过在IL-12的作用下，可以分泌产生IFN-γ及IL-17，提示Th17与Th1之间存在发育上的某种联系。在自身免疫病中，Th17细胞与Treg细胞互为制约，相互平衡的两种CD4+T细胞亚群，两者之间的平衡可以限制自身免疫病的发生。
Th17被认为是介导自身免疫病的一群Th细胞亚群，其通过分泌炎症介质IL-17诱导严重的自身免疫反应，如缺失Th17细胞能防止或减轻自身免疫性脑脊髓炎(EAE)等自身免疫病的发病。在各种自身免疫病，包括类风湿关节炎、多发性硬化、系统性红斑狼疮(SLE)、自身免疫性糖尿病以及哮喘等患者都检测到Th17细胞表达增高，同时在移植排斥反应早期也发现Th17细胞表达升高。在某些细菌感染性疾病中，如幽门螺杆菌感染，由于其分泌IL17这一炎性细胞因子，参与了细菌感染后炎症反应。
07 调节性T细胞检测
调节性T细胞(Treg)是CD4+ T细胞的一个亚群，其表达CD4、CD25分子，一度认为CD4+CD25+为Treg细胞，后来发现脊椎动物叉头样转录因子(Foxp3)是其更为特异的分子标志。
Treg细胞根据起源、发育和激活要求以及作用机制不同，可以分为天然产生的自然调节性T细胞(nTreg)和诱导产生的适应性调节性T细胞(iTreg)。除此外，还有Th3和Tr1，它们通常不表达或低表达Foxp3，也被认为是调节性T细胞。Treg细胞与Th17细胞表面的大部分趋化受体均相同，Th17细胞与Treg细胞在许多组织中均同时存在，但与Th17细胞介导炎性反应和自身免疫疾病的功能相反，Treg细胞具有抗炎性反应和维持自身免疫耐受的功能，二者的动态平衡可能与机体发生适当强度的免疫应答密切相关。但目前对这两种细胞的关系还没有定论。
Treg细胞被认为是可以拮抗Th17细胞功能的一群CD4+ T细胞，在免疫病理、移植物耐受、阻止自身免疫反应和维持机体免疫平衡方面发挥重要的作用。在各种自身免疫病和移植排斥反应中，包括类风湿关节炎、系统性红斑狼疮(SLE)自身免疫性糖尿病、早期移植排斥反应者等患者都检测到Treg细胞表达降低。同时在细菌或者病毒感染性疾病、过敏性哮喘等都可以发现Treg细胞数量降低，功能被抑制。在实体肿瘤患者中，发现Treg细胞数目明显增加，可抑制机体的抗肿瘤应答，清除Treg细胞可以重建抗肿瘤免疫。