1.渔区性质划分。《渔业捕捞许可管理规定》第二十三条规定，禁渔区线内侧为A类渔区，禁渔区线外侧为C类渔区。在A、C类渔区中同时将B类渔区单列（即B类渔区没有禁渔区线内外之分，禁渔区线内侧不完全是A类，禁渔区线外侧不完全是C类）。实践中的主要问题是A类渔区在细分时划分为本县、本市、本省A类渔区，如何确定本县、本市及本省的界限。目前根据《海域使用管理法》所设定之海域（领海以及内水），尚无法完成全部勘界以明确本县、本市、本省海域，故越出领海的A类渔区更难以确定省市县的分界。另外，《渔业法实施细则》第二十三条规定“海洋定置渔业，不得越出‘机动渔船底拖网禁渔区线’”，意味着禁渔区线外侧是定置作业的禁渔区。《渔业捕捞许可管理规定》第五十二条第二款规定“禁止在A类渔区转载渔获物”，尽管没有明确违反该禁止性规范的罚则，但或有可能将A类渔区设定为转载渔获物的禁渔区，准用《渔业法》第三十八条进行处罚。
2.行政许可权限。《渔业捕捞许可管理规定》在划定渔区的同时，还规定了捕捞许可的行政权限，其中涉及禁渔区线问题时，禁渔区线内侧有省许可，禁渔区线外侧由国务院渔业主管部门许可。根据农业部《关于明确海洋捕捞作业场所核定权限的通知》（农渔发[2003]49号），农业部授权各省核发C类渔区许可，其中东海区（江浙沪闽）授权权限为本省向东延伸的C类渔区，黄渤海区、南海区核发权限为本海区C类渔区。
3.渔政海警执法界线。2013年组建中国海警局，其中渔政管理职责明确为禁渔区线外侧由中国海警负责。《海警法》第十二条第一款第七项规定“（海警机构）对机动渔船底拖网禁渔区线外侧海域和特定渔业资源渔场渔业生产作业、海洋野生动物保护等活动进行监督检查，查处违法行为，依法组织或者参与调查处理海上渔业生产安全事故和渔业生产纠纷”。
《渔业法实施细则》第三条“国家对渔业的监督管理，实行统一领导、分级管理。国务院划定的“机动渔船底施网禁渔区线”外侧，属于中华人民共和国管辖海域的渔业，由国务院渔业行政主管部门及其所属的海区渔政管理机构监督管理；“机动渔船底拖网禁渔区线”内侧海域的渔业，除国家另有规定者外，由毗邻海域的省、自治区、直辖市人民政府渔业行政主管部门监督管理。内陆水域渔业，按照行政区划由当地县级以上地方人民政府渔业行政主管部门监督管理；跨行政区域的内陆水域渔业，由有关县级以上地方人民政府协商制定管理办法，或者由上一级人民政府渔业行政主管部门及其所属的渔政监督管理机构监督管理；跨省、自治区、直辖市的大型江河的渔业，可以由国务院渔业行政主管部门监督管理。”
机动船底拖网线内/外标识